Museum Geologi didirikan pada tanggal 16 Mei 1928. Museum ini telah direnovasi dengan dana bantuan dari JICA (Japan International Cooperation Agency). Setelah mengalami renovasi, Museum Geologi dibuka kembali dan diresmikan oleh Wakil Presiden RI, Megawati Soekarnoputri pada tanggal 23 Agustus 2000.
Sebagai salah satu monumen bersejarah, museum berada di bawah
perlindungan pemerintah dan merupakan peninggalan nasional. Dalam Museum
ini, tersimpan dan dikelola materi-materi geologi yang berlimpah,
seperti fosil, batuan, mineral. Kesemuanya itu dikumpulkan selama kerja
lapangan di Indonesia sejak 1850.
Masa Penjajahan Belanda Keberadaan Museum Geologi berkaitan erat
dengan sejarah penyelidikan geologi dan tambang di wilayah Nusantara
yang dimulai sejak pertengahan abad ke-17 oleh para ahli Eropa. Setelah
Eropa mengalami revolusi industri pada pertengahan abad ke-18, Eropa
sangat membutuhkan bahan tambang sebagai bahan dasar industri.
Pemerintah Belanda sadar akan pentingnya penguasaan bahan galian di
wilayah Nusantara. Melalui hal ini, diharapkan perkembangan industri di
Negeri Belanda dapat ditunjang. Maka, pada tahun 1850, dibentuklah
Dienst van het Mijnwezen. Kelembagaan ini berganti nama jadi Dienst van
den Mijnbouw pada tahun 1922, yang bertugas melakukan penyelidikan
geologi serta sumberdaya mineral.